Die Ausdehnung des Ortes in Richtung Dobichauer Straße endete nach dem Umzug der Ekkehardinger und mit der Anwerbung der Handwerker in die neue Stadt Naumburg nach 1033.

Das Dorf erlangte in der Jahrhunderten das noch jetzt vorhandene Aussehen. Schon im 15. Jahrhundert wird der jetzige Dorfplatz als zentraler Mittelpunkt erwähnt. Neben dem Dorfplatz gab es bis 1756 einen Teich für das Wassergeflügel und die Tränkungen von Arbeitstieren.1856 ist darin ein kleines Kind ertrunken. 

Ein weiterer Teich, war der Angerteich, in den Jahren 1968-1972 wurde der Teich zugefüllt.

Bis Anfang des 18. Jahrhunderts standen in der Wasserstraßen keine Häuser, denn in der heutige Wasserstraße, war alles noch Felsen dieser wurde abgebaut und auf der Unstrut verschiff, nur eine Straße führte dort entlang. Der Sandstein war ein guter Baustoff in den Städten im Umland. Den Abschluss des Dorfes an dieser Seite bildeten die Gehöfte Riedling und Spitze.

Die ältesten noch vorhandenen Häuser sind die alte Kirche St.Ruperti, die ehemalige Gaststätte"Zum Keller", die ehemalige Schmiede G.Böhme, die Häuser Grober (Kühn), H.Hesselbarth, I.Garus und H.Spitze.

Viele Bauerngehöfte sind nach dem Muster einer fränkischen Hofanlage angelegt. Die meist einstöckigen Wohnhäuser wurden Ende des 19. Jahrhunderts vielfach abgerissen, neugebaut oder aufgestockt. Die größte Bautätigkeit dieser Art erfolgte von 1910- 1915. Aus dieser Zeit stammen auch die meisten gemauerten Torbögen (z.Z noch 18 Bögen).In Großjena gibt es noch 60 Wohnhäuser mit teilweise alten Lehmwänden.

Großjena war von Mitte des 15. Jahrhunderts bis 1906 in zwei wirtschaftlich selbständig Einheiten geteilt, in einen Guts- und einen Dorfbezirk. Zum Gutsbezirk gehörten Häuser in der Schmiedegasse( früher Gutsgasse), Untergasse, die kleinen Häuser an der Freyburger Straße und ab 1905 die " Schweineweide".

1901 gab es im Dorf keine gepflasterten Straßen. Die erste Pflasterung mit Kopfsteinpflaster erfolgte auf der Straße von der Schule bis zum Gaststätte "Zum Keller".

1904 Dorfplatz bis zum Park

1905 Park bis zur Grenze Freyburg

1907 Schule bis zur Brücke und bis Kleinjena

1909 Dobichauer Straße

1912 Untergasse

1929-1931 Verlegung von Kleinpflaster in der Gutsstraße, Schmiedegasse und vom Park bis Poppendicker

1931 altes Pflaster von Lohmann bis Friedhof

1986 Straße von Hesselbart bis Sportplatz in eigen Arbeit (Gasser Hans, Gern Stefan und der Anwohner) aus Beton

1992 Bitumenbelag auf der Straße nach Freyburg und Wasserleitungsbau

1995 Schwarzdecke und Fußwegpflasterung der Max- Klinger-Straße im Zuge der Dorfplatzerneuerung

1997 Namensgebung der Dorfstraßen, Schwarzdecke Spielplatzstraße

2001 Bitumendecke von Haus Kraus bis Villa, neue Energieanschlüsse

2002 Umgestaltung der Gutsstraße