Die Ausgrabungsfunde während des Baues der neuen Umgehung-brücke vor Freyburg, Ende der 90er Jahre, sind weitere Zeugen dafür, dass das untere Unstruttal ein alter Siedlungsraum war.

Für unseren Ort Großjena ist es wichtig zu wissen, dass die Unstrut früher schon weit oberhalb, am Anfang des Dorfes, Richtung Freyburg, in die Saale floss. Die Saale reichte bis nach Kleinjena (Flurteil Reusen) und hatte durch die vielen Flusswindungen in der Aue ein erhebliches Sumpfgebiet zur Folge.

Die Großjenaer Siedlung und damit die spätere Stadt Gene wird schon im Jahre 531 erwähnt, dem historischen Datum als das große Thüringer Reich in der Schlacht an der Unstrut (bei Burgscheidungen) von den Franken besiegt wurde.

Die Besiedlung durch die Slawen ab 632 brachte großen Einfluss auf die Entwicklung unseres Ortes. Großjena wurde lange Zeit auch "Wendischen Geni" oder " Wendischenjena" genannt und war eine Stadt mit Markt, Zoll und Gerichtsrecht, im Gegensatz zu Kleinjena als "Deutschen Geni" bezeichnet wurde. Der Name Gene, Geni oder Jhene stammt aus den Slawischen und bedeutet soviel wie waldig, buschig, andere Namensforscher meinen es sei der Ort des Waldhüters Gaija.

Das Altdorf war angelegt als slawischer Rundling und viele Flurnamen besitzen noch heute slawische Bezeichnungen, so z.b. der Diehlst- kleiner Berg, oder die Glatschke- kahles Land. Neben der Glatschke befindet sich das Flurstück die Deutschen Stücke, dies kann ein Beleg für die Zeit, als die Deutschen und die Slawen einige Jahrzehnte friedlich zusammen lebten.

Die Einsetzung von Grenzfürsten im Zwist mit den Slawen ist der Grund für die Ansiedlung der Ekkehardinger in unserem Raum. Ein Kloster befand sich oberhalb des Pfarrhauses. Die fränkische Herrschaft und damit die Mission Bestrebungen sind wahrscheinlich ebenfalls Anlass dafür, dass das Kloster Gene als ein Nebenkloster von Fulda galt.

Die Hauseburg der Ekkerhardinger, befand sich auf den Hauseberg über den Ort, die Burg war eine Holzburg mit Sandsteinunterbau.

In dieser Zeit war die Stadt Stammsitz des mächtigen Herrschergeschlechts der Ekkerhardinger.

Die Kriegskunst und die gesellschaftliche Stellung der Ekkehardinger Grafen erwirkte ihnen bald, sich auf höchster politischer Ebene zu bewegen. So begleiteten Graf Günter und Ekkehard mehrmals Ottonen- Kaiser bei ihnen Kriegszügen in den Süden Europas.

Auf einem dieser Reisen starb der noch sehr junge Kaiser Otto III. Ekkehard, der inzwischen Markgraf von Meißen war, beschloss sich um diesen Posten zu bewerben. Er wurde aber am 30.April 1002 in Pöhlde im Harz auf der Durchreise in dem dortigen Kloster ermordet. Ob die Tat einen politischen oder familiären Hintergrund hatte, ist bis heute unklar.

Seine Familie holte den Leichnam in die Familiengruft in die Stadt Gene, um sie dann später wie die anderen Vorfahren, in die Kapelle der Nuwenburg in Naumburg zu überführen. Die Söhne Hermann und Ekkehard II. übersiedelten nach dem Tod ihres Vaters in die neue Burg, an der Stelle des heutigen Oberlandesgerichtes, in Naumburg.

Das ist auch der ersten schriftlichen Nachweise für die Existenz von Großjena, und stammen aus einer Niederschrift zum Tod von Ekkehard I. im Jahre 1002. Durch den Umzug (in Jahre 1028) der Söhne von Ekkerhard I.(985–1002) zu ihrer "Nuemburg"(Naumburg), verließen auch viele Bürger die aufstrebende Stadt Gene, zumal der Bischof von Naumburg 1033 eine Abgabenbefreiung nach der Übersiedlung besonders den Handwerkern versprach.

Die Ansiedlung Gene reichte bis zur Dobichauer Straße bzw. Richtung Freyburg. Das beweißt die kleine Kirsche "St.Rupert" (im 15 Jh. erstmals Erwähnt) diese befindet sich heute am Ortsausgang, stand sie früher doch in der Stadtmitte.

Die Stadt Gene, im Jahre 700 noch von 1600 Familien bewohnt, rück entwickelte sich dadurch zu einem kleinen Dorf mit nur knapp 300 Menschen.

Von den Holzhäusern der Stadt ist nichts mehr zu finden, nur die Sandsteine der Burg oder der Klosteranlagen sind vereinzelt in den Fundamenten der alten Häusern vorhanden.

Ein weiteres Indiz für das Vorhandensein einer großen Ansiedlung sind die Urnenfunde auf dem sogenannten Totenhügel, der ehemaligen Sandgrube. Schon 1710 bei der Gewinnung von Kies für die Bauarbeiten am Pfarrhaus sind etliche Urnen in dem natürlich gewachsenen Erdhügel über dem Kieslager gefunden worden.

1738 schreibt der Pfarrer Bauer, dass er und der Bürgermeister Hoffmann ebenfalls 60 Urnen von zum Teils sehr schöner Form und bis zu 60 cm Höhe sichteten. Neben der Totenasche befanden sich darin verschiedene Gegenstände wie Armreifen oder Fibeln aus Bronze und Eisen. Leider ist das Fundgut nicht entsprechend beachtet worden oder vollständig verschwunden.